今年もGoogle Summer of Codeの時期がやってきた。もう受付が始まっているが、応募したいと思っている人にアプリケーションを書く上で一般的な注意点を。 ゴールを明確に 最初にどんな機能を実装したいのか、明確／簡潔に書く。難しい英語の表現など使わなく…

Vizbiでのトークは、主に二つに分けられる。一つは一般的な可視化の話題を扱うキーノート。もう一つはデータの種類ごとの可視化を扱うデータ別のセクション。まず、キーノートの中からUBCのTamara Munzne教授のトークをレポート。なお、プレゼンテーションで…

Vizbiでのチュートリアルは今年から設けられたセクションで、アプリケーションごとに講師が一〜二人割り当てられ、前半が講師による解説やハンズオン形式のトレーニング、後半はそれぞれのデータなどを持ち寄って自由にディスカッションしたり質問したりと言…

分かりにくかった部分やリンクを修正しました。

研究者のトークのセクションでは、やはり自分の研究の全体像を紹介すると言うスタイルが多かったのだが、それに加えて、「この分野の可視化ではこんな事が問題で、こんな問題を解決できる人を捜している」と言うような問題提起を必ず最初に行う、と言うスタ…

生命科学と一言に言っても、CT画像のモデリングをやっている人もいれば、ネットワーク解析をやっている人も居るので、全く異なる分野の聴衆に対して語りかける工夫が若干必要な気がした。

ポスターセッションを４回に分けて開催する事により、興味のある発表者にはじっくり話を聞く事が可能だった。

基本的な会議の流れは、ライフサイエンスの研究者のトークがいくつか連続して、その間に可視化全般の話題を扱うキーノートをはさむと言う感じ。visual complexityのManuel Lima、Many Eyesを作ったグループなど、示唆に富んだ話を聞く事ができた。

実験的に開催されたのが去年で、今年は第二回目。前回はハイデルベルク（ドイツ）、今回はボストン（Broad Institute。MITのあるエリア）と言う違いはあるが、参加者は１３０人程度から２００人超へと増えた。ポスターの内容を観ている限りでは、若干メディ…

昨年に引き続き（昨年の分も結局まともに書いていない！）Vizbi 2011と言う、生物学分野に特化した可視化の学会に参加してきた。ワークショップ三日、チュートリアルが一日と言うスケジュールだったが、ワークショップ三日が終わった時点での全体の感想をま…

最近はTwitterばかりでまとまった文章を公開していないので、そろそろメモ的に書いたものをまとめて再開しよう。

もうずいぶん時間がたってしまったが、３月上旬にドイツのハイデルベルクで開催されたVIZBIと言う生物学系のデータ可視化に関するワークショップに参加してきた。情報の可視化に関する学会と言うのは様々なものがあるが、生物学のデータに的を絞ってのワーク…

ホスティングに関しては色々とうちのプロジェクトでも試行錯誤していて、多分Java系の開発では、以下のような組み合わせが可能なフリーホスティングがあれば凄く便利なのにね、という話をしている。 ソースコード管理: Subversion まあ色々と異論もあるでし…

もう先月になるが、今年もGoogle Summer of Code（以下GSoC）のメンターをやった関係で、メンターサミットと言うUnconference形式の技術系会議に行ってきた。これはGSoCに参加したプロジェクトのメンターが集まり、最近の技術動向や他のプロジェクトの交流を…

とりあえずメモ。 Agile methods in biomedical software development: a multi-site experience report Scrum and XP from the Trenches

当たり前ではあるけど、相変わらず計算機分野の技術の流行り廃りは激しい。とてもじゃないが一人の人間、もしくは小さなチームが全部の流行を追う事は不可能。そこで自分の関わる分野に役立ちそうなものをピックアップしてみた。まず、今ユーザー（生物学者…

だいぶ形になってきた。やるべき事はまだ山ほどあるけど。

こっちは激変してる。当たり前と言えば当たり前だけど。分野自体が計算機科学より更に若いので、何を教えるべきか、と言う枠組みさえ未だに変化し続けているみたいだし。 大学院に居たころは、バイオインフォマティクス＝配列比較と言っても過言ではなかった…

上の人工知能の本で思い出して、最近の教科書を調べてみたけど、ここ１５年ほどは割と定番って変わっていないようです。ヘネパタ、ドラゴンブック、先の人工知能本、Introduction to Algorithms・・・この辺の本の知識は割と長生き出来るんでしょうね。

といっても自宅の引っ越しではなく、ラボの引っ越し。 医学部で勤務する事になった。日本では珍しい事かもしれないけど、ボスがより良い研究環境を要求して大学側と交渉した所、医学部の方が良い条件だったので、生命工学部からそちらのビルへ引っ越し。こっ…

http://lucene.apache.org/mahout/ラボのメンバーが使いたがりそうなヤツだな。今度試してみよう。

ずいぶん前に日本で買って放置してあった本。思い出したので両方とも読んだ。基本的に本の内容はどちらも同じ方向性で、「ソフトで飯を食いたきゃ一生勉強続けろ」と言う事。ただ興味深いのは、日本では５０歳の人がコーディングするのは非常に変わった事と…

http://chianti.ucsd.edu/kono/data/p5gl-osgi-demo.zip上のMavenプロジェクトをダウンロードして、 mvn clean install pax:runとタイプすれば、全てをネットから自動的にダウンロードして実行してくれるはず。Equinoxの上で、Spring + Spring DMを実行して…

採用プロジェクトも決まって、正式に開始。http://socghop.appspot.com/org/home/google/gsoc2009/genmappkozo_niさんよろしく。

まだMacでの動作が確認できていないが、とりあえずネイティブコードを含んだOSGiバンドルの作成方法。具体的には、Processing+OpenGLライブラリを一つのバンドルにまとめて配布するためのテスト。 セントラルリポジトリとかのリモートでは公開されていないja…

今年も通ったので、メンターとして参加します。http://socrates2.cgl.ucsf.edu/GenMAPP/wiki/Google_Summer_of_Code_2009日本からの参加も大歓迎なので、何か質問等あればkonoアットucsdドットeduまで。

私も参加してます。無料ですので、興味のある方はぜひ。 （ただし全部英語で、翻訳なしです・・・）http://hackathon2.dbcls.jp/wiki/Symposium

忘れないようにメモしておいた。http://www.cytoscape.org/cgi-bin/moin.cgi/Cytoscape_3.0/AOPこれがベストな方法かどうかは分からないけど、とにかく明示的ではないパッケージへのリファレンスがJVM+OSGi上でのスクリプト言語の実行やアスペクトの利用で起…

とは言っても、私の場合はSpringしか使っていませんが、結構役立った本を紹介。Spring Recipes: A Problem-Solution Approach作者: Gary Mak出版社/メーカー: Apress発売日: 2008/07/06メディア: ペーパーバック購入: 2人 クリック: 20回この商品を含むブロ…