ホスティングに関しては色々とうちのプロジェクトでも試行錯誤していて、多分Java系の開発では、以下のような組み合わせが可能なフリーホスティングがあれば凄く便利なのにね、という話をしている。 ソースコード管理: Subversion まあ色々と異論もあるでし…

もう先月になるが、今年もGoogle Summer of Code（以下GSoC）のメンターをやった関係で、メンターサミットと言うUnconference形式の技術系会議に行ってきた。これはGSoCに参加したプロジェクトのメンターが集まり、最近の技術動向や他のプロジェクトの交流を…

とりあえずメモ。 Agile methods in biomedical software development: a multi-site experience report Scrum and XP from the Trenches

当たり前ではあるけど、相変わらず計算機分野の技術の流行り廃りは激しい。とてもじゃないが一人の人間、もしくは小さなチームが全部の流行を追う事は不可能。そこで自分の関わる分野に役立ちそうなものをピックアップしてみた。まず、今ユーザー（生物学者…

だいぶ形になってきた。やるべき事はまだ山ほどあるけど。

こっちは激変してる。当たり前と言えば当たり前だけど。分野自体が計算機科学より更に若いので、何を教えるべきか、と言う枠組みさえ未だに変化し続けているみたいだし。 大学院に居たころは、バイオインフォマティクス＝配列比較と言っても過言ではなかった…

上の人工知能の本で思い出して、最近の教科書を調べてみたけど、ここ１５年ほどは割と定番って変わっていないようです。ヘネパタ、ドラゴンブック、先の人工知能本、Introduction to Algorithms・・・この辺の本の知識は割と長生き出来るんでしょうね。

といっても自宅の引っ越しではなく、ラボの引っ越し。 医学部で勤務する事になった。日本では珍しい事かもしれないけど、ボスがより良い研究環境を要求して大学側と交渉した所、医学部の方が良い条件だったので、生命工学部からそちらのビルへ引っ越し。こっ…

http://lucene.apache.org/mahout/ラボのメンバーが使いたがりそうなヤツだな。今度試してみよう。

ずいぶん前に日本で買って放置してあった本。思い出したので両方とも読んだ。基本的に本の内容はどちらも同じ方向性で、「ソフトで飯を食いたきゃ一生勉強続けろ」と言う事。ただ興味深いのは、日本では５０歳の人がコーディングするのは非常に変わった事と…

http://chianti.ucsd.edu/kono/data/p5gl-osgi-demo.zip上のMavenプロジェクトをダウンロードして、 mvn clean install pax:runとタイプすれば、全てをネットから自動的にダウンロードして実行してくれるはず。Equinoxの上で、Spring + Spring DMを実行して…

採用プロジェクトも決まって、正式に開始。http://socghop.appspot.com/org/home/google/gsoc2009/genmappkozo_niさんよろしく。

まだMacでの動作が確認できていないが、とりあえずネイティブコードを含んだOSGiバンドルの作成方法。具体的には、Processing+OpenGLライブラリを一つのバンドルにまとめて配布するためのテスト。 セントラルリポジトリとかのリモートでは公開されていないja…

今年も通ったので、メンターとして参加します。http://socrates2.cgl.ucsf.edu/GenMAPP/wiki/Google_Summer_of_Code_2009日本からの参加も大歓迎なので、何か質問等あればkonoアットucsdドットeduまで。

私も参加してます。無料ですので、興味のある方はぜひ。 （ただし全部英語で、翻訳なしです・・・）http://hackathon2.dbcls.jp/wiki/Symposium

忘れないようにメモしておいた。http://www.cytoscape.org/cgi-bin/moin.cgi/Cytoscape_3.0/AOPこれがベストな方法かどうかは分からないけど、とにかく明示的ではないパッケージへのリファレンスがJVM+OSGi上でのスクリプト言語の実行やアスペクトの利用で起…

とは言っても、私の場合はSpringしか使っていませんが、結構役立った本を紹介。Spring Recipes: A Problem-Solution Approach作者: Gary Mak出版社/メーカー: Apress発売日: 2008/07/06メディア: ペーパーバック購入: 2人 クリック: 20回この商品を含むブロ…

「何となくEclipseの上でコードはコンパイルして実行できたけど、何が中で起こっているのかよくわからない」と言う声が協力者の人たちから出たので、ゼロから上記の組み合わせのプロジェクトを作成するサンプルを解説した。まあ結局、PAX-Constructのサンプ…

今年も受かる事を祈りつつ、メンタリング組織として書類を提出。通れば今年もメンターをやる予定。レイアウトが何かおかしな事になっているが、ボランティアで翻訳した日本語版の宣伝の紙をGoogle本家の方に載せてくれたようなのでリンク：http://google-sum…

http://hackathon2.dbcls.jp/今年も参加ということで、週末から暫く日本。移動に実質丸一日かかるのが辛いなあ・・・早く大気圏外飛ぶ飛行機出来ないかな。そろそろ真面目にTaverna 2の内部的な仕組みを理解しないと。

暫く前にハマったので、どこかにきちんと記録を残す予定。後にFelix自体のバグと判明・・・ OSGi環境でWebサービスのプロクシ（Javaの代理オブジェクトの方です）を使いたい場合は、素直にApache ServiceMix 4とかを使った方がいいかも。いずれServiceMix Ke…

もう既に旧聞に属するけど、メモ。Processing+OpenGLでウィンドウの大きさを動的に変更するには、リサイズイベントを処理する所でこんな感じでやればいいらしい。 pgl = (PGraphicsOpenGL) g; gl = pgl.beginGL(); gl.glViewport(0, 0, width, height); pgl.…

最近ようやく本が出始めて、少しずつ普及の兆しが見え始めたOSGi。自分たちのプロジェクトでも使っているけど、何となく流行りそうだから使っている訳ではなく、それなりに理由はあります。その理由をさっと書き出してみた。http://www.cytoscape.org/cgi-bi…